COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 15.232121 15.232121 16.111628
2021-01-22 17:00:00 16.586369 16.586369 16.430026
2021-01-21 17:00:00 14.763003 14.763003 17.024160
2021-01-20 17:00:00 14.712068 14.712068 17.523552
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 18.219593
2021-01-18 17:00:00 18.053680 18.053680 19.081780
2021-01-17 17:00:00 18.835488 18.835488 20.007710

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 4.139352 4.139352 6.180713
2021-01-22 17:00:00 6.028436 6.028436 6.631879
2021-01-21 17:00:00 3.239114 3.239114 7.196785
2021-01-20 17:00:00 4.390935 15.970235 7.948232
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 8.638278
2021-01-18 17:00:00 1.353745 6.516443 9.429559
2021-01-17 17:00:00 17.723881 17.723881 10.580532

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 12.016293 18.611987 18.378578
2021-01-22 17:00:00 15.178571 15.178571 18.568608
2021-01-21 17:00:00 21.771218 21.771218 19.153399
2021-01-20 17:00:00 15.200000 15.200000 19.038021
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 18.703124
2021-01-18 17:00:00 21.212121 17.857143 19.333381
2021-01-17 17:00:00 18.421053 18.421053 19.655492

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 14.607558 14.607558 13.029879
2021-01-22 17:00:00 13.435560 13.435560 13.295871
2021-01-21 17:00:00 10.960068 10.960068 13.346616
2021-01-20 17:00:00 12.848933 12.848933 13.164019
2021-01-19 17:00:00 8.925234 8.925234 13.012871
2021-01-18 17:00:00 16.699282 16.699282 13.109206
2021-01-17 17:00:00 17.790167 17.790167 13.182716

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 10.037532 10.037532 12.708161
2021-01-22 17:00:00 24.064404 24.064404 12.694727
2021-01-21 17:00:00 10.189534 10.189534 12.782238
2021-01-20 17:00:00 10.223912 10.223912 12.696548
2021-01-19 17:00:00 12.445039 21.066718 12.718133
2021-01-18 17:00:00 15.616798 24.015748 12.803296
2021-01-17 17:00:00 8.621126 8.621126 12.784326

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 33.710757 33.710757 28.644350
2021-01-22 17:00:00 32.942040 29.966630 29.301703
2021-01-21 17:00:00 28.833552 28.833552 29.586546
2021-01-20 17:00:00 23.705959 23.705959 29.592722
2021-01-19 17:00:00 26.969223 22.868517 30.269939
2021-01-18 17:00:00 44.483025 25.650723 31.139689
2021-01-17 17:00:00 31.526986 31.526986 31.836995

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 17.207299 17.207299 12.500660
2021-01-22 17:00:00 9.385382 9.385382 13.292430
2021-01-21 17:00:00 10.233645 10.233645 14.284312
2021-01-20 17:00:00 9.986625 9.986625 15.243795
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 16.358377
2021-01-18 17:00:00 17.465753 17.465753 17.517796
2021-01-17 17:00:00 18.527430 18.527430 19.021960

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 7.986453 7.986453 8.210120
2021-01-22 17:00:00 6.955621 7.809071 8.580428
2021-01-21 17:00:00 7.986026 7.986026 9.150328
2021-01-20 17:00:00 7.855040 7.855040 9.744486
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 10.412599
2021-01-18 17:00:00 12.214596 8.486694 11.157397
2021-01-17 17:00:00 13.104902 13.104902 12.192527

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 12.427023 12.427023 11.472555
2021-01-22 17:00:00 11.558346 11.558346 11.541868
2021-01-21 17:00:00 9.211524 9.211524 11.974506
2021-01-20 17:00:00 11.150235 11.150235 12.634677
2021-01-19 17:00:00 7.316314 7.316314 13.114171
2021-01-18 17:00:00 23.974476 23.974476 13.718468
2021-01-17 17:00:00 14.700193 14.700193 14.667307

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 21.044694 21.044694 21.356700
2021-01-22 17:00:00 22.700023 22.700023 21.491470
2021-01-21 17:00:00 23.312115 23.312115 21.810955
2021-01-20 17:00:00 20.745328 20.745328 21.972325
2021-01-19 17:00:00 20.217391 22.195924 22.061710
2021-01-18 17:00:00 22.825878 13.747254 22.348303
2021-01-17 17:00:00 22.251527 22.251527 23.037865

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 9.026830 9.026830 9.747782
2021-01-22 17:00:00 9.898075 9.898075 10.112317
2021-01-21 17:00:00 11.091393 11.091393 10.267073
2021-01-20 17:00:00 8.552092 8.552092 10.383747
2021-01-19 17:00:00 14.469972 8.402575 10.635884
2021-01-18 17:00:00 10.797799 10.537738 10.715982
2021-01-17 17:00:00 10.610080 10.610080 11.120021

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 6.906475 6.906475 8.037758
2021-01-22 17:00:00 9.421488 9.421488 8.045029
2021-01-21 17:00:00 6.601942 6.601942 8.465958
2021-01-20 17:00:00 6.345476 6.345476 8.802929
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 8.976735
2021-01-18 17:00:00 11.036789 11.036789 9.175756
2021-01-17 17:00:00 11.494253 11.494253 9.526863

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 73.600000 73.600000 74.065058
2021-01-22 17:00:00 98.076923 98.076923 73.567254
2021-01-21 17:00:00 70.049505 70.049505 71.316300
2021-01-20 17:00:00 71.707317 71.707317 68.756801
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 66.119492
2021-01-18 17:00:00 40.243902 40.243902 63.723188
2021-01-17 17:00:00 37.884379 37.884379 61.669092

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 62.866450 62.866450 54.072023
2021-01-22 17:00:00 48.118280 48.118280 54.212157
2021-01-21 17:00:00 42.268041 42.268041 55.006427
2021-01-20 17:00:00 85.802469 85.802469 55.567214
2021-01-19 17:00:00 22.448980 45.324881 55.345577
2021-01-18 17:00:00 28.717949 28.717949 55.297449
2021-01-17 17:00:00 45.608108 45.608108 53.962002

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 16.230823 16.230823 18.155630
2021-01-22 17:00:00 21.937984 21.937984 18.257765
2021-01-21 17:00:00 15.575113 15.575113 18.758532
2021-01-20 17:00:00 15.760728 15.760728 19.358929
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 19.986389
2021-01-18 17:00:00 18.354430 35.822785 20.608775
2021-01-17 17:00:00 22.540984 37.613843 21.391318

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 28.408775 28.408775 27.716188
2021-01-22 17:00:00 27.190171 27.190171 27.218740
2021-01-21 17:00:00 35.056365 35.056365 27.582922
2021-01-20 17:00:00 27.995169 27.995169 27.430223
2021-01-19 17:00:00 16.585366 21.144279 27.468479
2021-01-18 17:00:00 19.572608 27.743590 27.311203
2021-01-17 17:00:00 66.229030 23.757195 27.859574

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 8.451327 8.451327 7.817525
2021-01-22 17:00:00 7.272727 7.272727 8.130344
2021-01-21 17:00:00 5.970898 5.970898 8.365201
2021-01-20 17:00:00 6.670784 6.670784 8.518032
2021-01-19 17:00:00 4.885701 10.062752 8.742055
2021-01-18 17:00:00 10.044313 17.060561 8.999131
2021-01-17 17:00:00 6.934432 6.934432 9.331182

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 20.241217 20.241217 23.548025
2021-01-22 17:00:00 22.238634 22.238634 24.203552
2021-01-21 17:00:00 21.068859 21.068859 24.748805
2021-01-20 17:00:00 24.229578 24.229578 25.390463
2021-01-19 17:00:00 27.336332 27.336332 25.968904
2021-01-18 17:00:00 25.437898 20.974889 26.350743
2021-01-17 17:00:00 26.384305 26.384305 26.778439

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 8.525988 8.525988 8.618803
2021-01-22 17:00:00 7.575490 7.575490 8.912900
2021-01-21 17:00:00 9.011107 7.748119 9.114985
2021-01-20 17:00:00 8.234201 8.234201 9.413153
2021-01-19 17:00:00 5.736729 10.295168 9.636639
2021-01-18 17:00:00 13.013957 13.013957 10.005272
2021-01-17 17:00:00 8.414508 8.414508 10.302224

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 28.400342 28.400342 21.244232
2021-01-22 17:00:00 26.637555 26.637555 21.015774
2021-01-21 17:00:00 21.882173 21.882173 20.610410
2021-01-20 17:00:00 21.776730 21.776730 20.551171
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 20.112163
2021-01-18 17:00:00 43.119266 8.209607 19.283549
2021-01-17 17:00:00 15.470172 15.470172 19.367529

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 10.416667 36.458333 24.548361
2021-01-22 17:00:00 23.170732 23.170732 24.875104
2021-01-21 17:00:00 27.419355 27.419355 24.448885
2021-01-20 17:00:00 13.861386 13.861386 24.187365
2021-01-19 17:00:00 36.170213 18.617021 23.691326
2021-01-18 17:00:00 15.942029 26.086957 23.867097
2021-01-17 17:00:00 34.615385 34.615385 24.134184

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-23 17:00:00 35.129604 35.129604 37.752739
2021-01-22 17:00:00 38.238110 38.238110 37.306196
2021-01-21 17:00:00 31.207218 31.207218 38.307184
2021-01-20 17:00:00 37.729039 37.729039 39.350080
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 40.591395
2021-01-18 17:00:00 54.714912 31.051649 41.988654
2021-01-17 17:00:00 57.715008 57.715008 43.467972

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.139352 4.139352 6.180713
Basilicata 12.016293 18.611987 18.378578
Calabria 14.607558 14.607558 13.029879
Campania 10.037532 10.037532 12.708161
Emilia-Romagna 33.710757 33.710757 28.644350
Friuli Venezia Giulia 17.207299 17.207299 12.500660
Lazio 7.986453 7.986453 8.210120
Liguria 12.427023 12.427023 11.472555
Lombardia 21.044694 21.044694 21.356700
Marche 9.026830 9.026830 9.747782
Molise 6.906475 6.906475 8.037758
P.A. Bolzano 73.600000 73.600000 74.065058
P.A. Trento 62.866450 62.866450 54.072023
Piemonte 16.230823 16.230823 18.155630
Puglia 28.408775 28.408775 27.716188
Sardegna 8.451327 8.451327 7.817525
Sicilia 20.241217 20.241217 23.548025
Toscana 8.525988 8.525988 8.618803
Umbria 28.400342 28.400342 21.244232
Valle d'Aosta 10.416667 36.458333 24.548361
Veneto 35.129604 35.129604 37.752739

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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